“UNEC-100” İnkişaf Strategiyasında əks olunan strateji məqsəd və hədəflərə tez bir zamanda nail olmaq,
universitetin elmi potensialını və elmi tədqiqatçı heyətinin sayını artırmaq məqsədilə UNEC-də 48 Tədqiqat Mərkəzi yaradılıb.
Universitetdə fəaliyyət göstərən mərkəzlər üçün başlıca prioritet - müasir tələblər səviyyəsində iqtisadiyyatın müxtəlif istiqamətləri üzrə yeni elmi təfəkkürün və innovasiyalı iqtisadiyyatın formalaşması, fundamental elmi-tədqiqatların aparılması, yüksək ixtisaslı iqtisadçılar tərəfindən öyrənilməsi və tədqiq edilməsidir. UNEC Tədqiqat Mərkəzləri və onların əldə etdikləri elmi nailiyyətlər bu təhsil müəssisəsinin tədqiqat yönümlü universitetə çevrilməsinə böyük zəmin yaratmışdır. Mərkəzlərdə aparılan araşdırmalara rəhbərlik etmək üçün Mərkəzlərə rəhbər təyinatı həyata keçirilir və elmi istiqamətlərinə uyğun olaraq Mərkəzlərə tədqiqatçılar cəlb olunur, yəni işçi qrupları yaradılır. İşçi qruplarında fəaliyyət göstərən tədqiqatçılar həm universitetdaxili, həm universitetdən kənar, o cümlədən xarici universitetlərdə çalışan alim və tədqiqatçılardan ibarətdir.
UNEC Tədqiqat Mərkəzləri nümunəvi Əsasnamə əsasında Mərkəz rəhbərləri tərəfindən hazırlanmış və UNEC Elmi Şurasında təsdiq edilmiş Əsasnaməyə uyğun olaraq fəaliyyət göstərirlər. Əsasnamədə UNEC Tədqiqat Mərkəzlərinin fəaliyyət istiqamətləri, məqsədləri, vəzifələri, hüquq və öhdəlikləri öz əksini tapmışdır. Hər il Tədqiqat Mərkəzləri tərəfindən illik fəaliyyət planı hazırlanır və UNEC rektoru tərəfindən təsdiqlənir. Bu fəaliyyət planında Mərkəzlərin illik tədqiqat mövzuları, yerli və beynəlxalq layihələrə müraciət, beynəlxalq və respublika səviyyəsində elmi və populyar nəşrlərdə elmi-tədqiqat nəticələrinin dərc olunması, elmi tədbirlərin təşkil edilməsi, təbliğat xarakterli tədbirlər, əməkdaşlıq tədbirləri öz əksini tapır. UNEC-də fəaliyyət göstərən tədqiqat mərkəzləri və laboratoriyalarının işinə nəzarət Tədqiqat mərkəzlərinin işinin əlaqələndirilməsi və təşkili şöbəsi tərəfindən həyata keçirilir.