Daxili audit şöbəsinin məqsədi daxili audit və nəzarət tədbirlərinin aparılmasına vahid yanaşmanın təmin edilməsi, universitetin strukturlarında fəaliyyət istiqamətləri üzrə aşkar edilmiş nöqsanların baş vermə şəraitinin və səbəblərinin, mövcud hüquqi və praktiki problemlərin müəyyənləşdirilməsi, onların aradan qaldırılması və qabaqcıl təcrübənin tətbiq olunmasının işlənib hazırlanması üçün aidiyyatı üzrə təkliflərin verilməsi, əməli və metodiki köməkliyin göstərilməsi, universitetin strukturları və ayrı-ayrı əməkdaşlarının fəaliyyətindəki nöqsanlar barədə daxil olan mənbəyi bəlli məlumatların düzgünlüyünün təxirəsalınmaz qaydada yoxlanılması və nəticələri üzrə müvafiq tədbirlərin görülməsidir.

Şöbənin fəaliyyəti əsasən 5 istiqamət üzrə qurulmuşdur:

1) universitet rəhbərliyinin, habelə, qanunvericiliklə müəyyən edilmiş təşkilati-sərəncamverici sənədlərin vaxtında və lazımi səviyyədə icra edilməsi;

2) maliyyə hesablarının dəqiqliyinin və etibarlılığının yoxlanılması;

3) rəhbərliyin tapşırığı əsasında xüsusi araşdırmaların aparılması;

4) şöbənin fəaliyyətini reqlamentləşdirən və tətbiq etdiyi nəzarət sistemini tənzimləyən normativ metodiki bazanın formalaşdırılması və təkmilləşdirilməsi;

5) şöbəyə həvalə edilmiş tapşırıqların icrasını təmin etmək məqsədilə universitetin struktur bölmələrində monitorinqlərin keçirilməsi.

Şöbənin qarşısında qoyulan vəzifələrdən biri də univeritetin struktur əməkdaşlarının fəaliyyəti və ya fəaliyyətsizliyi barədə şöbəyə vətəndaşlardan, dövlət və qeyri-dövlət orqanlarından, habelə universitetin digər strukturlarından daxil olmuş təqdimatlar, müraciətlər, ərizə və şikayətlər üzrə qanunvericiliyə uyğun tədbirlərin görülməsini təmin etməkdir.

Mütəmadi olaraq universitetin professor-müəllim və inzibati heyətinin normativ hüquqi aktların, təşkilati-sərəncamverici sənədlərin tələblərinin pozulmasına dair məlumatlar toplanır, toplanan məlumatlar dəyərləndirilir, uyğunsuzluqlar müəyyən edilir, icra intizamının pozulmasını doğuran səbəb və şərait aradan qaldırılır, eləcə də əməkdaşların müvafiq intizam məsuliyyətinə cəlb olunmasına dair tədbirlər görülür.

Universitetin elmi-pedaqoji heyətinin dərsə davamiyyətinə nəzarət Daxili audit şöbəsinin dispetçerləri tərəfindən həyata keçirilir. Qeydə alınmış pozuntu halları operativ olaraq günün sonuna onlayn internet vasitəsi ilə şöbəyə daxil olur. Daxil olmuş məlumatlar analiz edilərək dörd kriteriya üzrə – boş keçən dərslər, əvəz edilmələr, pozuntu halları və dərslərin birləşdirilməsi halları kimi təsnifləşdirilərək Daxili audit şöbəsinin bazasına daxil edilir. Sonradan şöbədə bazaya daxil edilmiş pozuntu halları qruplaşdırılaraq təhlili aparılır.

Daxili audit şöbəsi onlara həvalə edilmiş tapşırıqların icrasını təmin etmək məqsədilə tədris binalarında tez-tez monitorinqlər və reydlər keçirir. Reydlər zamanı elmi-pedaqoji heyətin və inzibati heyətin əməkdaşlarının Universitetdaxili intizam qaydalarının şərtlərinə əməl etmələri yoxlanılır.