Tədqiqat Mərkəzlərinin işinin əlaqələndirilməsi və təşkili şöbəsi əvvəlcə UNEC-in struktur bölməsi kimi Elmi fəaliyyətin təşkili və
idarə edilməsi departamentinin (EFTİED) tərkibində fəaliyyət göstərib. UNEC-in tədqiqat universitetinə çevrilməsində tədqiqat mərkəzləri və laboratoriyaların rolunu nəzərə alaraq, aparılan tədqiqat işlərinin səmərəliliyinin artırılması məqsədilə EFTİED-in Tədqiqat mərkəzlərinin işinin əlaqələndirilməsi və təşkili şöbəsi 15.09.2020-ci il tarixdən müstəqil struktur bölmə kimi müəyyən edilmişdir.
Şöbənin funksiyaları: Universitetdə yaradılan tədqiqat mərkəzlərinin işinin əlaqələndirilməsi, təşkili və onların fəaliyyətinin dəstəklənməsi; Elmi-tədqiqat işlərinin təşkili və aparılması təcrübəsini öyrənmək, Respublikanın və xarici dövlətlərin elmi-tədqiqat müəssisələri ilə əlaqə yaratmaq və elmi mübadilələri həyata keçirmək; Respublikanın və xarici ölkələrin universitetlərində fəaliyyət göstərən tədqiqat mərkəzləri ilə birgə elmi-tədqiqat işlərinin aparılması proqramlarında, qrant və layihələrdə iştirak etmək və s.
